真菌生物反應器主要依靠真菌的作用去除臭氣中的疏水性或水溶性差的物質。真菌通常具有菌絲，增大了菌體與周圍環境接觸的表面積。真菌具有堅硬的細胞壁，可在較干燥的環境中生長，水溶性差的物質能夠直接與真菌接觸并被降解。
微生物的降解作用是以多種微生物(一般是細菌、真菌、酵母菌)降解不同化合物的能力為基礎的。
臭氣中的污染物是多樣而復雜的，散發臭味的物質可分為：含硫化合物(如硫化物、硫醇類)，含氮化合物(如氨、胺類)，低級脂肪酸(如乙酸)等。對于水溶性好的污染物，可利用繁殖快的細菌進行降解。
對于難溶于水的污染物，可用真菌降解。細菌一真菌復合式生物除臭反應器，將細菌與真菌復合，可以同時去除臭氣中的不同類型物質，其對臭氣中的乙酸、氨、苯乙烯、硫化氫、乙硫醇和乙硫醚的去除率分別達至96．17％、96．16％、92．11％、78％和83％，可用于控制污水處理廠、污泥處理廠、垃圾填埋場、糞便消納站等工廠企業排放的臭氣，解決臭味污染問題。
上海羿清環保是一家專注于生物除臭的環保企業，在除臭方面有很多優秀案例，其生產的生物除臭設備能夠有效處理惡臭氣體，受到業內人士的一致贊譽。
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